La mission première du service est d’assurer le diagnostic des infections bactériennes, mycologiques, parasitaires et virales.

• Le secteur de bactériologie réalise l’isolement de bactéries, leur identification et l’étude de leur sensibilité aux antibiotiques. Une grande partie de l’activité est consacrée à la biologie moléculaire, permettant la détection de nombreux génomes microbiens de culture lente ou fastidieuse, permettant ainsi d’augmenter la sensibilité du diagnostic microbiologique (ex : Helicobacter pylori, Kingella kingae, Tropherima whipplei, Bartonella henselae, mycobactéries) et de détecter certains toxines ou gènes de résistance aux antibiotiques. Il met au point de nouvelles méthodes de diagnostic afin d’augmenter les performances et/ou la rapidité des résultats rendus, comme les PCR multiplex ou le séquençage à haut débit.
• Le secteur de virologie effectue les sérologies virales pour diagnostiquer différentes infections (VIH, hépatites, virus causant une primo-infection symptomatique) et pour contrôler l’efficacité des vaccins. Il effectue la détection et la quantification des virus par biologie moléculaire pour :

• diagnostiquer les infections aigues (respiratoires, cutanéo-muqueuses, méningo- encéphaliques, digestives), les réactivations virales des immunodéprimés et la transmission materno-fœtale.
• décider d’une indication thérapeutique et surveiller son efficacité (HIV, Hépatites, Virus des immuno-déprimés)
• étudier la sensibilité aux antiviraux du VIH par séquençage génomique.

• Le secteur de mycologie-parasitologie réalise l’isolement et l’identification phénotypique et moléculaire des champignons (levures, champignons filamenteux et dermatophytes). Il effectue la recherche de paludisme, l’identification de parasites et les sérologies de la toxoplasmose. Son activité est particulièrement orientée vers le diagnostic des infections fongiques invasives par biologie moléculaire et détection de marqueurs solubles (antigènes polysaccharidiques) ainsi que l’étude des mécanismes de résistance aux antifongiques. Il est en charge de la réalisation des prélèvements cutanés à visée diagnostique (ex : dermatophytoses, ectoparasitoses, leishmanioses..).
• Le secteur d’hygiène hospitalière, rattaché au laboratoire, organise et coordonne la lutte contre les infections associées au soins (IAS) sur l’établissement : contrôles de qualité microbiologique des zones, matériaux et produits à risque, procédures de dépistages chez les patients et les professionnels de santé, surveillance épidémiologique des IAS et analyse de leur évitabilité, formation et information des professionnels de santé. Il met en œuvre des recommandations du CLIN et l’évaluation des pratiques.